El origen del MNAA remonta a la Exposición Retrospectiva de Arte Ornamental Portuguesa y Española, promovida en 1882 en las salas del Palacio del siglo XVII Alvor-Pombal. El éxito de ese evento llevó a la compra del edificio por el estado y a la abertura oficial, dos años más tarde, del Museo Nacional de Bellas-Artes y Arqueología.

Las principales colecciones que integran la colección del museo se constituyen por pintura portuguesa y extranjera de los siglos XII al XIX, escultura de los siglos XII al XVIII, orfebrería de los siglos XII al XVIII, diseños del siglo XV al XVIII, grabados europeos de los siglos XVI al XIX, cerámica portuguesa y extranjera, tapices, textiles y muebles.